Die schematische Darstellung der Germanonautilus-Morphologie ist das Produkt der Erkenntnisse aus den Analysen einer Vielzahl pathologischer Individuen. Beim Vergleich der Merkmale des fossilen Germanonautilus mit dem rezenten Nautilus werden lediglich frühontogenetische Gemeinsamkeiten sichtbar. Beide Formen besitzen keine weiteren morphologisch/physiologischen Übereinstimmungen.

Auch Germanonautilus bildet anfangs eine flache, uhrglasförmige Kalotte aus Mit einer Abmessung von ca. 4,5 mm x 0,8 mm ist die Anfangskammer jedoch mehr als doppelt so groß wie die beim Nautilus. An diesen "Protoconch" schließt sich eine hornförmig gekrümmte geschlossene Röhre. Auch zum Zeitpunkt des Nabelschlusses, beim Überwachsen der Anfangskalotte, verändert sich der Baumechanismus dergestalt, dass die bis dahin geschlossene Röhre dorsal nicht mehr geschlossen wird und die Gehäuseränder umbilikal an die vorige Windung gekittet werden (Nahtbildung). Wie beim rezenten Nautilus liegt der Weichkörper nunmehr direkt auf der Schale der vorigen Windung auf. Gleichzeitig entsteht im Nabelbereich ein großer Hohlraum, die Nabellücke von ca. 6 mm. Die vom apikalen Mantelepithel eingebauten Kammerscheidewände haben wie beim rezenten Nautilus eine einfache konkav gewölbte Form. Sie werden dorsal direkt auf die Ventralseite der vorherigen Windung gekittet. Der voluminöse Sipho (Perlschnursipho) verläuft zentral vom Weichköper bis in die Anfangskammer.

Das planspirale Nautilus-Gehäuse beginnt mit einer flachen uhrglasförmigen Kalotte. An diese Anfangskammer (Protoconch ca. 2,1 x 0,5 mm) schließt sich eine hornartig gekrümmte geschlossene Röhre.
Am Ende der Anfangswindung entsteht beim Überwachsen der Anfangskalotte im Nabelbereich ein Hohlraum, die Nabellücke. Gleichzeitig verändert sich der Bauplan grundsätzlich. Die bis dahin geschlossene Röhre bleibt dorsal geöffnet und die Schale wird lateral/umbilikal an die vorige Windung gekittet (Nahtbildung). Der dorsale Weichkörper liegt nunmehr direkt auf der Ventralseite der vorigen Windung. Das Gehäuse bleibt gerundet.
Die vom apikalen Mantelepithel eingebauten Kammerscheidewände haben eine einfache konkav gewölbte Form. Sie werden dorsal direkt auf die Ventralseite der vorherigen Windung gekittet. Der Sipho verläuft zentral vom Weichkörper bis in die Anfangskammer.

Die insgesamt sehr variable Bauweise des kantigen Gehäuses von Germanonautilus unterscheidet sich grundsätzlich von der gerundeten und genormten Form von Nautilus. Der Windungsquerschnitt reicht von fast quadratisch bis trapezförmig. Die Marginal- und Umbilikalkanten erscheinen zwar auf Steinkernen gerundet, bei Ersatzschalenerhaltung wird jedoch deutlich, dass diese Bereiche durch organisch angereichertes Schalenmaterial immer wulstartig verdickt sind und dadurch dem ursprünglichen Gehäuse ein kantiges Aussehen verleihen. Die Schale war sehr dick und schwer.
Zu den weiteren Besonderheiten des Germanonautilus -Gehäuses gehören seine Trichtermündung mit einer von ihr ausgehenden skulpturähnlichen "Anwachsstreifung", die häufige "Knotenbildung" an der Marginalkante und die umbilikal auf >200° verlängerte Wohnkammer.
Der stammesgeschichtlich größte Unterschied ist jedoch die vollständige Haftung des Weichkörpers in der Wohnkammer. Der eindeutige Nachweis dafür konnte mit der Fähigkeit zur Ausbildung von Sekundärschalen (forma conclusa) erbracht werden (REIN 2002).
Im Gegensatz zum Germanonautilus haftet beim Nautilus das Mantelepithel lediglich apikal an den Muskelansatzstellen und an einem schmalen Streifen der Gehäusemündung. Dazwischen "hängt" der mittlere Weichkörper wie der Balg einer Ziehharmonika und ermöglicht damit das Zurückziehen des Kopffußes in das schützende Gehäuse.
Wegen biomechanisch/hydrostatischer Gesetzmäßigkeiten ist die Wohnkammerlänge bei Nautilus auf ca. 130°-150° limitiert und das Gewicht der Schale ist minimiert. Mit seiner genormt gerundeten Einheitsform unterscheidet sich das Nautilus-Gehäuse prinzipiell von der variablen Bauweise der kantigen Schale des Germanonautilus.